連勝文敗選，競選總部執行總幹事蔡正元抱怨當初他開的「藥方」沒被聽進去，還質疑國民黨高層致電連營護航頂新，這樣的說法遭到黨中央、通話雙方的否認，黨內人士則質疑蔡正元卸責。
壹週刊報導，蔡正元受訪指出，頂新在10月發生假油風暴，食安風暴變成民怨海嘯，連勝文原本要在10月13日台北市餐飲業職業工會代表大會的場子，以強硬姿態宣示滅頂，竟然只講了前半段，完全不提魏家。
週刊提到，蔡正元後來才知道，連勝文接了黨中央高層一通神祕電話，態度丕變。經他追問，連勝文才供出是國民黨副祕書長林德瑞打電話給李德維，李把電話轉給連。
週刊說，蔡正元還懷疑，林德瑞只是管錢的大掌櫃，他懷疑背後下指導棋的「不是金溥聰或馬英九，還有誰？」
國民黨文傳會主委范姜泰基澄清說，黨中央並未針對頂新案，對連勝文陣營有所指示；林德瑞的確曾致電中常委李德維，是以個人對選情的關心，針對食安反映民意。
林德瑞表示，高層沒有指示他打那通電話，只是單純對選情的關心，對食安的處理就事論事，完全沒針對頂新。
李德維也說，通話的時間很早，當時頂新尚未被確認有問題；通話的內容，主要是談論選情與輿情，當時強調的是，嚴懲不法，但也不要流於民粹，避免濫殺無辜。
連戰辦公室主任丁遠超則說，他沒有聽說過這事件；但他認為，選後不需要這樣爆料，這次選戰對連勝文是很好的經驗，敗選應該沈潛、自省，不用去怪東怪西。
黨內人士指出，若週刊報導屬實，蔡正元明顯是為了擺脫敗選責任，刻意影射他人，企圖轉移媒體焦點，這種手法實在令人不敢認同，相信社會也自有公評。