特偵組被爆出違法濫權監聽，其中監聽一組電話號碼「0972630235」，經調查竟是立法院總機對外的節費號碼，引發藍、綠同聲抨擊，甚至要求檢察總長黃世銘下台、解散特偵組等訴求。對此有資深的檢調人員表示，總機電話進出繁雜眾多，難以準確監聽目標對象，根本是做白工，只有傻瓜才會這麼做。
特偵組被爆出監聽立法院總機，引發外界嘩然，甚至連立法院長王金平得知後，都直說「不可思議」，希望真相可以早日釐清。對此特偵組在28日兩度召開記者會，上午發言人楊榮宗先是堅稱「絕對沒有監聽立法院總機」，但在媒體記者當場撥打後，他才改口表示聲請監聽票後才知道是立法院電話。
晚間檢察總長黃世銘再度親上火線召開記者會，他解釋特偵組誤以為該電話是立法院配置公款給柯建銘的助理使用，還舉出立法院的全球資訊網上面的電話是「02-23585858」，同仁因為「資訊錯誤、發言不正確」，當場向國人道歉。只是特偵組在召開5分鐘的記者會後，黃世銘並未接受媒體提問，甚至被問及要主動下台辭職負責，黃世銘轉頭就走不回應。
特偵組的電話監聽，竟然連立院總機也在內，已經引發所有藍綠立委同聲撻伐，不但有許多立委出面批評，連前總統李輝惠也表示自己以前也被人這樣搞過，直批特偵組違法。外界將矛頭也指向總統府，對此總統府不願表示意見，僅表示未來調查有人若涉及不法，馬總統都會尊重，「該怎麼辦就怎麼辦」。