國內有研究學者發現，餐桌上的虱目魚可能早已成為海洋生態失衡的隱憂。當年莫拉克風災造成台南沿海數十萬尾虱目魚游入大海，再加上曾有宗教團體大量放生，不僅影響綠島周邊生態發展，也不排除原為草食性的虱目魚，已演變為雜食性生物。漁業署今(4)日強調，將研議委託學者進行虱目魚海洋演變，且放生虱目魚屬非法行為，最高可處15萬元。
中研院研究發現，近年多次有大量虱目魚族群游入海洋，導致數十萬虱目魚，衝擊海洋生態失衡。漁業署指出，據台灣魚類資料庫，虱目魚廣泛分布在印度到太平洋的熱帶及亞熱帶海域，東太平洋地區以台灣南部較常見，早期養殖魚苗多採海中捕撈，但至人工育苗成功後，成為台灣重要的養殖魚種，也因虱目魚野外族群穩定，於100年實施放流限制標準時，未將虱目魚列入增殖放流表列物種。
漁業署強調，放流虱目魚屬非法行為，將可依漁業法條規定核處3萬元到15萬元以罰鍰，遵循將對的魚放在對的地方原則，確實維護水域生物多樣性及生態環境；而對於海洋野生虱目魚食性有從草食轉變為雜食性演變，漁業署認為，虱目魚種在台灣周邊皆有分布，有待研議委託學者進行相關研究。