台北市長柯文哲日前拜會行政院副院長張善政「討錢」，要求交通部償還台北市政府代墊台北捷運新莊線和蘆洲支線(原)省府自償性經費約99億8000萬。交通部今(6)天對此做了澄清。
交通部表示，行政院1998年7月15日核定的新莊蘆洲線財務計畫及行政院歷次核示事項明定，自償性財源由台北市政府暫代辦理貸款並負擔建設期利息，完工後營運時由營運單位償還此項貸款的本金及剩餘期間利息，此即台北市政府只是擔任資金籌措的平台，並非實際負擔自償性經費，最終仍由營運單位負擔。
此外，交通部進一步表示，考量本計畫完工後由台北捷運公司營運，行政院在2002年1月10日指定由台北市政府擔任統一籌措自償性經費的平台，並等待營運通車後，再由台北捷運營運收入償付該府。
交通部強調，所謂建設計畫的自償性經費是指計畫營運後的票收收入及聯合開發收益，由營運單位償付，捷運新蘆線在2013年6月全線通車營運，票收收入持續由負責營運的台北捷運公司收取，至土地開發收益則由負責開發的台北市政府土地開發基金收取。因此本案的自償性經費，自當由獲取自償性財源的台北捷運公司及台北市政府，儘速依行政院所核定的財務計畫規定，負償付之責，交通部並沒有需要歸還台北市政府代墊款的問題。
目前這個案件已進入行政訴訟階段，交通部說，因中央與地方見解不同，交通部將配合台北高等行政法院審理過程，並等待判決結果再妥為因應。