財政部表示，對於民眾因梅姬颱風所造成的災害損失，財政部已責成各稅捐稽徵機關成立「災害減免勘查服務小組」，主動協助受災民眾申辦各項稅捐減免，並秉持從優、從寬、從速原則辦理，以協助民眾重建家園。
有關災害損失申請稅捐減免，國稅局指出，個人受災戶應於災害發生後30日內，檢具損失清單及證明文件，例如受災財物照片、原始取得憑證、保險公司鑑價損失資料或受損財物修復取得之統一發票或收據等，以書面向戶籍所在地稽徵機關或就近向災害所在地（財產所在地）稽徵機關申請報備，由災害發生地稽徵機關派員勘查，並核發災害損失證明。
在綜合所得稅部分，如果災害申報損失總金額在新台幣15萬元以下者，可由村里長出具證明申報災害損失列舉扣除額，在申報綜所稅時列舉扣除；營利事業所得稅災害申報損失總金額在 500 萬元以下者，得由稅捐稽徵機關書面審核。
可申請災害損失稅捐減免的除綜合所得稅、營利事業所得稅外，還有營業稅、娛樂稅、貨物稅、菸酒稅、房屋稅、地價稅、使用牌照稅等。
財政部指出，如對災害損失稅捐減免的規定或申報（請）方式有不清楚的地方，可在上班時間就近向所在地稅捐稽徵機關查詢，或撥打國稅局免費服務專線0800-000-321、地方稅稽徵機關免費服務專線0800-086-969查詢。