房地合一課稅定案後，市場看似光明在望，但仍有隱憂，由於明（2016）年適逢3年一次的公告地價調整，加上不少地方政府陷入財政困窘，如果採取「調稅救財政」手段，明年公告地價恐將大幅調漲，漲幅甚至有可能寫下近20年的新高，直接影響的是屋主每年繳交的地價稅將會增加，也將為房市帶來新的衝擊。
住商不動產企劃研究室主任徐佳馨表示，公告地價是地價稅的稅基，每3年調整一次，從時程上來看，今年底各縣市政府需召開地價評議委員會進行檢討，明年公告調整。以台北市為例，最近4次的調幅雖然都在1成以內，但累計下來也很驚人，而近3年全台公告現值的調整幅度則高達38%，目前公告地價仍低於公告現值，在調整空間仍大的狀況下，調幅勢必驚人。 信義房屋不動產企研室專案經理曾敬德表示，近年政府積極調高不動產的持有與交易稅負，包括大幅拉高公告土地現值，去年又祭出囤房稅與部分地方政府大幅調升新房屋的標準單價，以及北市針對豪宅倍數調高的房屋評定現值，加上今年通過的房地合一稅，不僅短期交易稅負高，一般交易稅負也可能高於舊的申報制度，又碰到3年一次的公告地價調整，未來地價稅一定會明顯增加。
曾敬德指出，如果公告地價大幅調整，影響最大的就是土地持分較高的舊公寓、透天、土地與大型商業設施等，另外像北市的豪宅、新開通的捷運線如松山線、信義線周邊，以及都更地區等，都是過去3年公告土地現值大幅調漲的區塊，預料調整幅度不會太小，但因為公告地價比公告土地現值更低，預料即使調整後，一般自住客增加的稅金也是相對有限。
以信義路四段土地持分5坪的中古大樓為例，2013年公告地價每坪60.33萬元，申報地價48.26萬（公告地價的8成），以自用住宅用地優惠稅率千分之2計算，地價稅不到5,000元，即使調漲3成，影響也相當有限。