媒體報導，兩隻貓熊從中國大陸運抵台灣，華盛頓公約(CITES)秘書處視此為「國內交易」，不須通報公約秘書處，部分民眾以此批評政府自我矮化；也有民眾質疑大陸核發的出口文件上的記載矮化我國。陸委會為此公開強調，政府並不是以「國內模式」處理大貓熊來台事宜。

陸委會的說法是，我國不是聯合國會員，由於CITES是隸屬於聯合國的國際組織，因此它的秘書處依聯合國對台灣政治地位的一貫主張，說這是「國內交易」，我國無法左右。

其次，這次貓熊來台，我方是由經濟部國貿局核發輸入許可文件，並由台北市立動物園據以向大陸有關部門申請核發出口許可證（大陸瀕危物種進出口管理辦公室核發之「野生動植物允許進出口證明書」）。也就是說，貓熊從大陸出口，以及進入台灣，都必須憑輸出入文件才能通關出入境，如果是「國內交易」根本就不會有通關的問題。

至於大陸核發的貓熊出口文件，根據部分媒體報導，因為記載「台灣台北」及「四川成都」，認為這是「城市對城市」，把台灣和大陸視為一國，矮化了台灣主權。

不過，根據陸委會的說法，貓熊出口證書上記載的「進口地點」是「台灣台北」，「進口口岸」是「TW TAIPEI」，不但沒有任何矮化的問題，也是多年來我方可以接受的表述方式；至於「出口地點」記載為「四川汶川縣」，「出口口岸」記載為「CHENGDU」(成都)，也是依據實際情形記載。

海基會則說，重點是，進出口文件的欄位名稱並不是「進出口國家」，因此完全沒有矮化的問題。且民進黨執政期間，台灣從中國大陸輸入瀕臨絕種野生動植物的中藥材，也是依據這種模式辦理。

老實說，國人對台灣的認同，不會因為貓熊來台就輕易放棄、改變；對共產制度的疑慮，更不會因為貓熊長得可愛就消除。經過幾十年民主的洗禮，台灣的「民智」早已大開，「心頭在在」，政治人物其實不必太過操心！