此次通過的《水下文化資產保存法》共計七章四十四條，分別包括：第一章總則、第二章權利歸屬及國際合作、第三章以水下文化資產為標的之活動、第四章水下文化資產之現地保存、第五章發掘出水、第六章罰則及第七章附則等。本立法主要基於現行文化資產保存法的立法內涵並無海域之概念，且聯合國教科文組織於西元2009年通過生效的《水下文化遺產保護公約》，對國家可以主張管轄權的各種海域內與大陸礁層上，及國家管轄權以外之公海之下的水下文化資產的權利歸屬與內涵均有清楚規定，並確立九項水下考古的重要原則與精神。
此次法案乃就此公約的相關規範重點，逐一落實於法案條文中，以遵守水下文化資產國際公約之精神，並使我國水下文化資產的保存、維護工作，進一步與國際接軌。
文化部指出，為避免水下文化資產遭受不當的發掘、竊取、毀損或其他破壞行為，《水下文化資產保存法》亦就此等違法行為，分別依其行為程度明定有刑事處罰及行政處罰等法律責任，最高並可處五年以下有期徒刑或併科新臺幣一千萬元以下罰金，以加強保護我國水下文化資產。另立法院並「附帶決議」未來主管機關（即文化部）得指定一水下文化資產專責機構，以專門執行各類水下文化資產的保護與管理工作，俾使我國水下文化資產的保存工作，進一步邁向專業化。