復興航空公司GE222班機23日在澎湖發生48死10傷的空難意外，是台灣近幾年來最嚴重飛安意外，楊秋興在事發後第一時間就連繫交通部長葉匡時，了解最新狀況，現階段以傷者就醫後送、罹難者身分確認及大體保存為首要工作，也請民航局於復興航空GE222空難災害應變中心持續協助處理善後事宜，全力提供家屬協助。
楊秋興說，颱風剛離去，天候是否適合飛行，相關規範與權責都是事後要檢討項目，當時有民眾拍到空中出現火光，是飛機遭雷擊或引擎故障，都須詳加調查；他希望交通部責成航空公司做好善後賠償撫卹工作，如有需要，他將協調相關部會支援協助處理。
楊秋興表示，飛安會已進行此次空難事故調查，尋獲失事航機黑盒子也在今天下午3時45分班機送回臺北解讀，失事原因應儘速釐清，包括飛機抵達澎湖時到底能見度多少，其他天氣因素包括風速、雨量是否適合中型飛機飛行，都是事後檢討項目，他會請交通部及飛安會加速調查，並具體提出飛安改善策進作為，避免類似悲劇再度發生。