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機場捷運建設目前進行中之系統整合測試作業，應辦理之43項測試項目，已完成42項，惟仍有全線班表運轉測試乙項，因測試過程中偶有軌道誤佔據、無線電斷訊導致電聯車緊急煞車、以及號誌軟體更新緩慢等號誌相關問題，造成系統穩定性不足；另統包商系統整合能力、及其與下包商間長期存在之合約爭議，亦導致測試問題未能有效解決或改善進度遲緩。測試期間，高鐵局除一再要求統包商儘速處理，亦積極協助辦理測試改善，目前已完成林口站(A9)至中壢環北站(A21)路段的系統整合測試，至於全線系統整合測試則持續進行中。
依計畫期程，全線系統整合測試完成後，將由營運單位（桃園捷運公司）配合統包商辦理營運前運轉測試，再由營運單位於通車前自主辦理模擬演練。因前述系統整合測試作業延遲，且原統包合約就統包商與營運單位在營運前運轉測試階段之權責缺乏足夠規範之情況下，影響桃園捷運公司進場參與，亦導致營運前運轉測試及模擬演練等兩項作業無法及時展開。為能掌握後續各項作業期程，經交通部與桃園市政府近一個月來密切協調後，雙方就桃園捷運公司參與後續作業之權責已達成共識，並同意於已完成系統整合測試路段，在不影響安全且不減少測試項目之條件下，採併行作業方式辦理營運前運轉測試及模擬演練等作業。
針對系統整合測試延誤，統包商未能及時改善，影響整體計畫期程，高鐵局將依合約規定要求統包商負擔逾期之責任。
機場捷運全長51.03公里，兼具直達車及普通車在同一軌道運行之特性，較國內一般捷運複雜，對興建或營運單位均是新的挑戰。為順利推動機場捷運早日通車，交通部與桃園市政府業取得共識，將由高鐵局持續嚴格督促統包商趲趕完成各項測試作業，並與桃園捷運公司充分合作，共同努力在105年3月底提供系統穩定及安全無虞的機場捷運服務。