交通部航港局說，海研五號快速沉沒，船體至今大致應仍保持完整，並可能隨海流而移動，可能會影響其他船舶航行安全，也有污染海洋之虞。
航港局依據商港法，日前行文海研五號船舶所有人「台灣海洋科技研究中心」，要求打撈海研五號船體，並在近期內提出打撈計畫。
航港局說，台灣目前沒有海底打撈技術，可能要請求國外公司協助。
另航港局也已完成海研五號黑盒子（VDR）解讀，相關調查仍待召開海事評議委員會後才會對外公布。
海研五號是台灣第4艘海洋研究船，重2700噸，全長72.6公尺，寬15.4公尺，由台灣設計建造，建造經費超過新台幣14億元，2011年6月下水。
今年10月9日，海研五號從台南安平港出海，前往金門，預計執行8天海上任務，因海象不佳，10日晚上返航時，在澎湖外海疑觸礁沉沒，船上2人罹難、25人受傷。