司法院就終審員額改革部分指出，必須從員額、組織及訴訟程序等方面進行，首先最高法院、最高行政法院法官員額精簡及選任（訴訟組織金字塔化），民事、刑事及行政訴訟程序改革（訴訟程序金字塔化），日出條款及其他配套（包含新制施行後最慢五年內實施人事新制）以及公務員懲戒委員會的整併（待最高法院及最高行政法院完成改革後，將公務員懲戒業務併由行政法院處理）。
委員林志忠就最高法院庭數及法官員額改革提出建議指出，最高法院法官人數是否過多，必須搭配一個國家的人口來看，同為大陸法系的德國以及法國，以十萬人口數為基準，我國最高法院刑庭法官是德國的5.48倍，法國的3.82倍，民庭法官的比例則相對合理，介於德法之間。因此問題是最高法院法官的配置出現問題，也就是刑庭比例過高，人數分配不均。
林志忠指出，最高法院各庭不足額配置部分，最高法院是民事訴訟與刑事訴訟的法律審，當事人必須在原審判決違背法令的時候，才可以上訴到第三審，因此理論上，第三審法官人數，與掌握事實審的一、二審相比，來得少是合理且必然的結果。
他說，從策略面來看，先行降低終審法院人數，等待訴訟金字塔化的配套完成，終審法院即可併入司法院，因此要不要縮減法官員額，其實不能單獨來看待，而必須與其他的司改議題一起思考；若司法院審判機關化、訴訟金字塔化都是這次國是會議大家的共識，則降低終審法院人數是唯一的方法。全面性的調整才可以完成最高法院員額的改革，若只是單純縮減人數，將嚴重影響人民訴訟權益。1060424