民眾以當時拍下的照片向平面媒體投訴指稱，高鐵台南站旁的台39線道紅線區，當時路旁已有車輛違規停車，一輛航空特戰指揮部的軍用車輛卻又併排違停，造成後方車輛行車危險。
投訴民眾指出，這輛違停的軍車是屬「戰備督導車」，供比較高階的軍官行使公務時搭乘。當時這輛車的車窗緊閉未熄火，應該是在等著接送長官。
航特部對此回應指出，當天是由1名押車軍官與駕駛兵，開車載送基地長官到高鐵站搭車北上。因長官下車後駕駛兵內急，把車開到較不影響交通的路段暫停後，下車上廁所，押車軍官在車上等待，全程大約5分鐘。
警方指出，歸仁警分局已在高鐵台南站周邊多次開單告發違停車輛，若檢舉民眾將照片與錄影畫面舉報給警方，經調查內容屬實，就會開單告發。依法在紅線區違停可罰新台幣1200元以下，並排停車可罰2400元以下。