他說，同志團體應思考如何讓這把清朝的劍發揮作用，至於怎麼處理立法不足問題，法務部採開放態度。
同婚釋憲案開憲法法庭言詞辯論，邱太三在同婚釋憲辯論庭上說，民法是依數千年形成社會規範，遭酸是「千年部長」；邱太三會後開玩笑說，這次釋憲對他及國民而言，的確是千載難逢機會。
釋憲案源於同志運動者祁家威與男伴到台北市萬華區戶政事務所登記結婚被駁回，經行政訴訟後敗訴定讞，祁家威認為民法第4編親屬第2章婚姻規定有違憲之虞，聲請釋憲。
北市府代表人廖元豪詢問法務部，修改民法同婚，對公共利益有何影響？邱太三說，如果貿然修改，一定衝擊社會秩序，還有長輩問他，過年時家族祭祖，同婚時將來祖先牌位要寫「考考還是妣妣」？
邱太三說，客家人祭祖，牌位會根據性別寫上考或妣，就有親戚問，假使同性婚姻通過，到底要怎麼寫？要寫考考還是妣妣？這是同婚生活上可能的秩序影響，也有立法委員提醒他別修法修太快。