吳恩文民國102年3月間在台北市松山區，被警方查獲持有安非他命及搖頭丸，台北地檢署偵辦後，審酌吳恩文認罪，予以緩起訴處分，並需就醫治療戒除毒癮，至今緩起訴期間已屆滿。
台北市警察局松山分局員警9月26日下午4時許，在復興北路附近巡邏時，發現剛從計程車離開的吳恩文形跡可疑，吳恩文不僅戴口罩還帶帽子，警方上前盤查，吳恩文主動從口袋掏出1包安非他命，員警把人帶回偵訊。
吳恩文遭逮時，態度配合並供稱，因2年前被抓後，收入不穩通告變少，心情差才吸毒，毒品來源是網友免費提供；警訊後依違反毒品危害防制條例罪嫌，把吳恩文移送台北地檢署複訊。
法界人士表示，由於吳恩文先前已因毒品案獲緩起訴並戒癮治療，這次屬5年內再犯，檢察官應會起訴，再給他緩起訴的機率不高。若吳恩文遭起訴，未來法院還是可以審酌他的狀況，給予緩刑並命他再做戒癮治療，不一定要坐牢服刑。