賴振昌質疑十二年國教上路後手年，一次免試入學時因志願序積分等因素，導致有7%學生落榜，也出現桃園縣學生被分發到馬祖等現象，應該二次免試入學設法補救。
教育部今天發出聲明稿澄清，連江縣（馬祖）和桃園縣有特殊的歷史和地理淵源，馬祖學生多數到桃園升學，所以才將兩縣劃為同一就學區。
另外，過去每年也約有30多位畢業於桃園縣國中的學生，因戶籍、依親等因素，前往馬祖高中就讀。今年免試有學生被分發到馬祖，也是審慎考量後的結果，由學生將馬祖高中列入志願序之中。
馬祖高中每年也都會派人到桃園縣各國中作招生宣傳，提供多項獎助學金，也成為吸引桃園縣學生的因素之一。