現行防空飛彈部隊名稱為「國防部參謀本部防空飛彈指揮部」，將在3月1日移編給空軍，由空軍司令沈一鳴上將主持飛彈指揮部移編暨揭牌典禮，飛彈指揮部名稱將改為「國防部空軍司令部防空飛彈指揮部」。
防空飛彈指揮部目前轄有3個飛彈群，下設多個飛彈營。軍方官員說，防空飛彈指揮部有愛國者三型、天弓二及三型、鷹式飛彈等防空飛彈，並有一定數量戰術反制飛彈（即地對地飛彈）及雄二E巡弋飛彈，這些飛彈部隊將隨軍事戰略規劃構想，全數移編給空軍。
防空飛彈指揮部3月1日移編給空軍後，空軍將同時轄有防空飛彈指揮部、防空砲兵指揮部兩個防空單位；空軍以兩階段移編及整併，防空飛彈部隊3月1日由參謀本部移編給空軍，第二階段計畫在今年底前，完成飛彈、防砲兩單位整併計畫。
按軍方規畫，飛彈、防砲兩單位人力可交流任用，現行防空飛彈指揮部為少將指揮部編階，整併後，飛彈指揮部編階將提升為中將。