行政院因應H5N6禽流感病毒疫情，13日成立中央災害應變中心，內政部長葉俊榮要求各警察機關積極配合主管機關執行各項防疫措施，防止疫情擴散。
葉俊榮指示警政署全力執行5大重點工作，包括一、各警察機關應積極配合各地方政府主管機關加強相關防疫工作；二、各警察機關配合各地方政府防疫主管機關執行違法屠宰查緝工作。
三、各警察機關轄區內如發現有民眾任意棄置死禽，除通報防疫主管機關處理外，並主動配合追查棄置來源；員警執勤須注意自身安全；第四、2月17日至24日全國家禽禁止移動及休宰期間，各警察機關應加強路檢攔查勤務，若發現運禽車應即通報勤務指揮中心，即時轉報當地防疫主管機關即時到場處理。
最後，針對已發布禽流感確診案例的花蓮縣、台南市、雲林縣、嘉義縣、宜蘭縣，以及養禽量大的高雄市、彰化縣、屏東縣等列為重點防疫地區，內政部要求轄區警察局應配合主管機關相關防疫措施，強化勤務部署，積極協助查處。
內政部統計，從2月13日迄今，各警察機關動員警力數2萬多人次，計查獲違法屠宰家禽5件31隻、棄置死禽4件854隻、違反農委會公告禁宰禁運家禽2件。