對於總統專機相關飛航路線，總統府發言人黃重諺只表示，「路線由華航規劃」。外交部也表示，專機飛行計劃統由華航負責，外交部並未介入。
華航回應，「此事涉及總統行程，無法告知」。
前總統李登輝、馬英九、陳水扁均曾出訪中南美洲，但都沒有經過古巴上空。
1997年9月，前總統李登輝出訪中南美洲4友邦巴拿馬、宏都拉斯、薩爾瓦多和巴拉圭，先啟程前往夏威夷，停留一晚後再轉往巴拿馬。前總統馬英九8年任內出訪12次，多次前往巴拿馬，也未曾飛經古巴。
2007年1月，前總統陳水扁出訪尼加拉瓜，由於中國大陸施壓，專機在飛越墨西哥飛航情報區時，突然遭對方航管單位拒絕，必須改繞公海航線飛往美國洛杉磯，因此延遲4個多小時落地。
外交部當時曾與美國政府與墨西哥政府協調，畢竟陳前總統過境美國，是美國的客人，希望墨西哥不要為難美國，同時也透過尼加拉瓜外長與墨西哥外長聯絡，但都無結果。
古巴去年7月與美國終結50多年冷戰，全面恢復外交關係，並在對方的首都重新開設大使館，可能是這次蔡總統可以順利飛越古巴，以最短路徑抵達巴拿馬的原因之一。
蔡總統從6月24日到7月2日搭乘中華航空專機，出訪友邦巴拿馬和巴拉圭，去程過境美國邁阿密，回程過境美國洛杉磯，全程9天8夜。