呂芳上在國史館接受專訪時表示，兩岸因內戰形成不同的抗戰史觀，中共過去完全否認國民政府在抗戰時的努力，包括蔣中正在抗戰時的領導，中共認為他們才是抗戰的主要力量，但這不是很有道理。
拿出數據來看，呂芳上指出，抗戰期間中日共發生22次大會戰，中共根本沒有參加過幾場，而在對日作戰陣亡的將領方面，中共也只有左拳一人，而國軍陣亡的將領高達268人，由此就可看出國民政府才是承擔起對日抗戰的主力。
呂芳上說，隨著中華民國將抗戰時期的資料全面開放，使得到台灣來研究抗戰歷史的中國大陸學者發現，他們政府講的話都不是真的，而資料開放也使這些大陸學者在撰寫抗戰歷史的論文上比以前更客觀。
呂芳上舉例，過去中共把抗戰時期位於重慶、由戴笠與美軍上校梅勒斯合作組成的軍事情報組織─中美合作所舊址稱為「中美合作所集中營，美蔣罪刑紀念館」，完全汙名化。
但藉由兩年前國史館與軍情局合作，整理並公開戴笠與軍情局的檔案，使中共民間了解到中美合作所對抗戰勝利所做出的貢獻，促使他們逐漸改變對國民政府的情資單位及戴笠的印象，這就是把過去因政治掩蓋的歷史事實重新呈現出來。
呂芳上說，以黨派的格局來處理抗戰問題，一定會發生很多矛盾，一方面只會說自己想說的話，一方面又會造成對立衝突，所描繪的事實就不會客觀，歷史只有建立在學術研究前提上，才可讓別人信服。