蘇起九合一選前出版新書「兩岸波濤廿年」指出2008年總統馬英九就職前夕，他銜命向連戰報告就職演說內容，但連戰卻要他一句一句慢慢念，讓連戰抄寫；蘇起還說，箇中原因讓他「不敢再想下去」。
被問及寫書是否別有用意？蘇起出席一場公開活動前受訪表示，他早就不談這個問題，這是選舉時扯的事，沒必要回應。
至於媒體工作者周玉蔻引述不具名前國安高層消息來源談及頂新國際集團獻金事宜，蘇起說，他在國安會2年，從沒碰過內政，國內事務他連碰都沒碰。
談到兩岸政策，他說，政府一直沒把中國大陸政策向百姓解釋得很好，馬總統只講讓利、經濟等，完全不談政治問題；只談經濟，賺錢的永遠是少數，不賺錢的永遠是多數，當然會不高興。
蘇起表示，馬總統在中國大陸政策上做那麼多貢獻，包括國際紅利、安全紅利與政治紅利，完全沒人提，這是政府非常失敗的地方。