法務部指出，劣質豬油事件爆發後，全民憤慨，無不期望檢察官將不肖商人所賺黑心錢全部追回。魏家私人飛機來去自如，外界因此質疑檢察官有放水之虞。
根據台灣高檢署轉述，參與本案的檢察官仔細檢視，魏家飛機不是登記在魏應充或頂新公司名下，而魏家其他兄弟和事業尚無相關事證顯示涉及目前檢方偵辦的52件劣質豬油案，檢察官毫無可以查扣的法律依據。
另外，有人質疑魏家可能利用私人飛機將相關證據帶往境外藏匿。事實上，檢方必須取得相關事證，才能採取禁止飛機離境的強制措施，不能單憑想像猜疑，就啟動保全證據的程序。
法務部指出，檢察官身為司法機關的一環，任何動作均須嚴守法律分際，不能意氣用事，希望各界能理解。