台北市立萬芳醫院2日表示，秦厚修因慢性肺部腫瘤併發呼吸衰竭，晚間6時16分過世，享壽93歲。
萬芳醫院表示，秦厚修在馬總統及家人陪伴下辭世，遺體隨即移往第二殯儀館，馬家決定不設治喪委員會，不發訃聞，不設靈堂，也婉謝各界花籃、花圈和奠儀，家屬再次由衷感謝秦厚修住院期間各界的關心問候。
秦厚修2日辭世前，馬總統與夫人周美青、馬家大姊馬以南、二姊馬乃西、三姊馬冰如及小妹馬莉君等人隨侍在旁，陪母親走完最後一程。
余靖2日也陪同母親到萬芳醫院送外婆秦厚修最後一程，並在臉書（facebook）上貼文懷念。他說，再見了最愛的外婆，他的啟蒙老師和最好的朋友；他很懷念和秦厚修在一起的最後那段時光。
余靖表示，感恩上蒼在秦厚修有限的時間裡給予他無盡的關懷，「你的優雅，機智和慈悲之心讓我難以忘懷。永別了」。
由於馬鶴凌2005年過世後，骨灰安奉在台北市富德靈骨樓，據了解，秦厚修遺體火化後，可能也會安奉在此。馬以南今天低調前往富德靈骨樓，面對媒體詢問不發一語。