機捷遲遲無法通車，除車速及行車時間未達合約標準，測試時還發生號誌系統異常無法改善、列車滑行緊急煞車次數多、鋼軌墊片斷裂與轉轍器異常等安全疑慮。
交通部長賀陳旦上台後，回應立法院交通委員會要求，全面檢視機捷工程各安全疑慮，成立監理調查委員會，借重國內、外工程、營運與法律等相關學者專家經驗，希望提出獨立、公正、客觀第三方處理建議，提供交通部改善機場捷運系統、通車營運及合約處理爭議參考。
機捷監理調查委員會7月4日召開起始會議，下午將舉行總結記者會。
委員會討論過的相關問題包括：無線電傳輸系統不明原因造成緊急煞車分析改善、桃園機場捷運公司統計系統測試4522項異常、軌道墊片破裂後續解決方案、合約、穩定性測試的初期營運班表等議題。
其他列入討論的議題還有埋置式軌道使用逾期黏著劑、第三軌跳接線燒毀、列車打滑事件、營運機構人員訓練與進駐、軌道誤佔據、驗證與認證（V&V）機制、轉轍器異常、合約、自動收費系統異常等。