航空產業特性較為特殊，防疫措施需依照工作內容有所調整，華航依據疾管署規範建立應變流程，迅速在第一時間正確處理。例如韓國爆發中東呼吸道症候群（MERS-CoV）疫情期間，華航主動執行機組員健康管理並發送旅客宣導，將影響幅度降至最小。
為防範伊波拉病毒（Ebola virus）入侵，協助製作入境旅客旅遊史申報卡，提供多國語言廣播，加強旅客認知及防護，並搭配於班機內播放防範伊波拉影片。此外，每年舉辦員工健康講座、癌症篩檢、流感疫苗接種服務，有效防範傳染病，因此獲得衛福部疾管署肯定具有高度績效貢獻。
華航長期以來無微不至的精緻服務獲得市場口碑外，更專注於提供旅客安全舒適的旅行環境，因此對於防疫工作不遺餘力，自2010年成立專職醫務部以來，定時配合飛航作業執行飛安醫務，如飛航組員的緊急醫療處置教育訓練，機上醫療裝備及飛行急救諮詢系統規劃、更全面於機上配置AED（Automated External Defibrillator，自動體外心臟除顫器），另不定期發佈國內外疫情管理訊息及商務出差旅遊建議，並製作衛教宣導看板置放於機場報到櫃台，規劃機上防疫用品等，提供醫務專業意見。