台南小巨蛋興建案原由前台南市政府和南大簽訂備忘錄，由南大籌建，預定地在南台南副都心。但台南縣市合併後，市府以南大財務能力不足等為由，宣告備忘錄失效，將成大列入第二優先評選。
不過，市府證實，成大認為開發台南小巨蛋不盡符合效益，也不盡適合台南未來發展，建議不在南台南副都心興建，成大也放棄第二優先權利。
市府轉述成大的理由說，台南小巨蛋興建案歷經多年，時空背景已大不相同，建議借鏡台北巨蛋衍生的問題，重新評估；何況台南小巨蛋預定地附近雖規劃鐵路地下化新設南台南火車站，但周遭道路是否足以疏散人群，也應重作評估。成大建議重新考量興建地點。
市府說，前市府評選小巨蛋案程序已告一段落，未來市府將從宏觀與邁向國際城市發展的角度，重新檢討及提出相關建設計畫，以符合市民的期望。小巨蛋興建位址也將儘速研議，再向市民報告。