高鐵財改案去年就提出，同樣是減資、增資、及全民認股，但程序上做了改變。
舊版財改案，增資分兩階段，第1階段採私募，對象為原持有特別股的公股及泛公股，金額是新台幣130億元；第2階段增資70億元，包括7億元員工認股及63億元股東依持股比例認股；第3階段才公開上市100億元全民認股。
舊財改案私募對象，包括：台灣銀行、土地銀行、華南銀行、第一銀行、兆豐銀行、彰化銀行、合庫銀行、台灣企銀及中技社與航發會。
即使交通部再三強調，私募對象是公股及泛公股，並將道德勸說原始五大股東不參與，政府可取得經營主導權，募資不足額部分，優先洽勞退、勞保、退撫等基金，但外界質疑圖利特定對象聲浪仍不斷。
新財改案增資不再分階段，並將全民認股列優先，金額從100億元增為192億元，同時有78億洽勞保、勞退等四大基金認購，員工認股也增加到30億元；若全民認股及員工認購不足，才會由原始股東和八大公股與泛公股銀行、中技社、航發會認購。
交通部高鐵局指出，高鐵新財改案完成後，公股加泛公股股東與五大始股東的持股比例，將是7比5，與現在五大原始股東股近37%，公股及泛公股才約22%，有很大差異，高鐵不但改頭換面，也排除了圖利財團的疑慮。
高鐵局預計，未來公股及泛公股擁有7席高鐵董事，五大股東則為5席，另有3席獨立董事，未來高鐵董事會有重大決議，需2/3董事出席、1/2以上董事同意時，7席公股董事加3席獨立董事就達2/3出席標準，政府可主導董事會穩定運作。
另高鐵原本享有的特許期年限是35年，因造成折舊負擔太沉重，扭曲財務結構，延長特許期成了財改後引入新資金的必要條件。
舊高鐵財改案，特許期延長40年，在圖利特定對象質疑聲中，特許期延長年限也帶連受批評。
為了讓高鐵財改早日順利過關，新財改案特許期縮短5年，因已全民認股列為優先，加上政府主導經營，預期特許期延長期限受到的阻力可降低。