交通部高速鐵路工程局長胡湘麟說，新增3站加入營運後，部分列車運轉時間一定會增加，因服務水準下降，已提醒台灣高鐵公司，除規劃新站通車後的班表外，也要考慮相對應的票價調整。
高鐵局估計，目前高鐵台北到高雄，站站都停的列車行駛時間為120分鐘，苗栗、彰化、雲林新3站加入後，列車若站站都停，北高行車時間增至138分鐘，多了18分鐘。
胡湘麟表示，高鐵票價結構並未改變，但當服務水準降低時，可以折扣方式調整票價。
根據交通部與台灣高鐵公司合約，台灣高鐵可依據尖離峰時間及停靠站方式，訂定票價，目前，高鐵已有離峰時間的早鳥票，但還未依停站方式訂票價，無論直達車或站站都停列車，票價都相同。