根據黑盒子內容，23日晚上7時5分44秒，駕駛員解除自動駕駛，7時6分10秒駕駛自己喊重飛，7時6分13秒駕駛艙現不明聲音，7時6分15秒駕駛員向塔台呼叫重飛，7時6分18秒，駕駛艙再出現不明聲音，7時6分18.9秒，黑盒子中止記錄。
飛安會執行長王興中說明，從飛航資料及殘骸分布顯示，復興GE222班機在23日晚上6時45分，向馬公塔台申請在20跑道，以助導航VOR進場，塔台在晚上7時3分38秒允許飛機落地。
不過，從飛航軌跡顯示，飛機在晚上7時5分54秒解除自動駕駛時，開始逐漸偏航，直到黑盒子中止記錄，飛機航向與依規定進場角度差了13度。
馬公機場規定20跑道進場航向是201度，但GE222黑盒子顯示，飛機向左偏航至188度。1030801