金門縣教育處學管科引用「國民教育法」指出，依法縣市立國民中、小學校長由縣市政府組織遴選委員會就公開甄選、儲訓的合格人員、任期屆滿或連任任期達1/2以上的現職校長或曾任校長人員中遴選後聘任。相關規定由縣市政府訂定。
教育處學管科表示，縣府依相關法規辦理校長遴選外，今年5月修訂「金門縣國民中小學校長遴選要點」，明訂國中、小學校長遴選委員會設召集人，由縣府秘書長兼任，委員9到11人，由縣府聘派任，其中有教師代表、家長會代表。
縣國中、小學校長遴選委員會也另聘台灣省專家學者與社會公正人士參與，每校有4位浮動委員，包含教師代表與家長代表各2人，學校推薦教師代表時優先推薦教師工會的兼職、未兼職教師代表，讓校長遴選更臻公平。
本學年度辦理二階段校長遴選，第二階段校長候選人除現任校長外，其他候選人都是儲備候用校長且經訓練合格人員，為免候選人選同一學校，因此各候選人有3個自願序選填學校。
第二階段校長遴選委員會7月19日在縣府第一會議室舉行，各候選人說明治校理念與委員詢答等程序，評定成績以各遴選委員評列名次總和計算，如名次總和相同，則比較評定總成績，以總分高者為優先，並由遴選委員會半數委員通過後排序，每校3名候選人由縣長圈選。
教育處學管科表示，這次遴選校長，縣長都尊重遴選委員會排序與候選人的志願序作決定；綜觀目前無論大學校長、公務人員甄選都有提列前3名的機制；這次國中小學校長遴選在公平、公正、公開作業，選出地區國中小優秀校長。
金門縣5所國中、10所國小校長8月1日在縣府聯合布達與交接。