民用航空局副局長李萬里上午在記者會強調，復興航空發生馬公空難，民航局責無旁貸，後續將重新檢視飛航相關法規，若飛安會調查報告認為事件發生原因與裝設儀降系統ILS有關，民航局將進一步評估。
李萬里說，在飛安會初步調查報告出爐後，民航局將派技術人員小組，到復興航空檢視，「該罰就罰，該停就停，該重訓就重訓」。
李萬里表示，有關事件調查進度，將負責調查的飛航安全調查委員會對外說明，「民航局從來沒有指責機長」，只是說明馬公機場起降的天候標準。
有關復興後續航權申請，根據民航局「國際航權分配及包機審查」綱要，業者有發生航空器失事者，自事故發生日起1年內不得參與國際航權分配，已申請完成的航權不會回溯，兩岸新增航班的分配權利也將受影響。
國內航權部分，民航局表示，航空公司發生事故也影響分配，不過目前國內線已飽和，影響不大。