衛生福利部說，復興航空班機空難發生後，隨即啟動EOC大量傷病患救護機制，衛福部澎湖醫院、三總澎湖醫院全院動員，全力讓傷患獲得妥善醫療照護，同時本島有數家醫院也進行後續醫療照護準備，因此絕無澎湖醫療不足情況。
對於外界質疑澎湖離島醫療資源不足，衛福部指出，澎湖2家醫院醫療服務能力充足，收治傷者後，立刻給予所有必要醫療處置，包括重大外傷醫療、腦部開顱手術、裝置緊急葉克膜維生處理、燒燙傷醫療等，處理迅速恰當。
後送部分，衛福部表示，緊急醫療處置後，尊重傷者家屬意願，也考量家屬後續照護便利，隨即啟動跨部會合作轉院機制，澎湖2家醫院也派醫護人員護送。
衛福部指出，澎湖2家醫院有高雄長庚、高雄榮總及奇美醫院3家醫學中心支援，人力及資源充足，2醫院也是合格的中度急救責任醫院，可進行急重症處理，在心導管重大醫療處理也已經完成100餘病例，醫療人力及資源充足。