衛福部疾病管制署今天指出，污水、土壤粉塵、生鏽器物中，可能潛藏著致病微生物，使人感染到鉤端螺旋體病、類鼻疽、破傷風，病菌會可能從傷口感染造成蜂窩性組織炎、敗血症，有糖尿病者很可能因此截肢。
疾管署提醒，民眾清理積水污泥以及殘枝落葉、招牌、玻璃等風災垃圾，最好戴上口罩，穿上雨鞋或防水長靴、配戴防水手套，不要赤手空拳打赤腳，避免被鐵釘、鐵片等刺傷或割傷。
目前是登革熱流行季，災後清掃重點之下是清理室內外積水容器，包括輪胎、鐵鋁罐、帆布、寶特瓶、盆栽墊盤等，不要讓積水養蚊子傳播登革熱病毒。
淹水地區要注意腸胃病，疾管署建議民眾以市售含氯漂白水稀釋100倍，擦拭居家環境，廚具及餐具使用前，先煮沸消毒，或以10公升清水加40毫升漂白水稀釋進行消毒，如果蓄水池也淹水，必須確實清洗消毒後再蓄水，煮沸後才可飲用，至於泡過水或解凍過久的食物最好不要吃。
疾管署指出，民眾災後打掃環境，出現發燒、頭痛、肌肉痛、腹痛、腹瀉、黃疸、倦怠等症狀，趕快就醫，主動告知醫師相關接觸史、受傷原因及傷口污染情形，以利醫師診療。