行政院農業委員會漁業署副署長黃鴻燕表示，鮪魚配額是由國際組織印度洋鮪魚委員會依照各國過去在當地海域所抓並通報的魚量來分配，如台灣大目鮪的配額是3萬5000公噸，每個國家都應該依規定遵守配額，否則造成國家違規，最嚴重恐影響我國漁業當地作業權益。
對於漁民反映配額太少，黃鴻燕說，各漁船依據船隻大小在各作業區能捕撈的漁獲量都有清楚規定，且規則行之有年，而漁獲捕撈情況充滿變數，可能去年豐收，今年卻不盡人意，如今年東太平洋漁況比較好，可能一個月就把配額用完。
同時，黃鴻燕指出，本來漁民在不同海域作業，就會捕抓不同的魚種，不能去年在這裡，今年又換到這區跳來跳去，這樣會秩序大亂，對於漁民反映的情況可能是因為過去沒有誠實申報，而今年嚴管申報量，才會有反彈的聲音出現。
黃鴻燕強調，漁業資源保護受到國際重視，台灣不能因為幾個人不守規矩而違規，甚至影響整體漁民作業，對於有困難的漁民，漁業署已了解情況，並在國家預備的彈性配額空間內給予輔導。