我國最大2700噸級、花費新台幣14.6億元打造的海研五號研究船在去年國慶日於澎湖外海沈船，造成兩死意外，由於失去了海研五號，國內許多大型的科研計劃受到影響，例如內政部的國土調查、科技部能源國家型第二期計劃等都中斷，國家實驗研究院在預算確定、顧問標決定廠商後，緊鑼密鼓在 9月公告國際標買船，預定11月底截止開標。
國研院副院長王作臺表示，這艘新購的海研船為2000噸級，另一艘自建的3000噸級海研船造船計畫也已經董事會同意，並召開專家諮詢會議，正式啟動造船計畫。
他指出，保險公司承保海研五號的船體險，約新台幣10多億元均已撥付，目前仍在處理船東責任險，也會積極爭取兩位意外死亡同仁的理賠撫卹。
他並透露，失事意外屆滿 1年，國研院也將派員到不幸罹難的中央研究院研究員許世傑，以及海洋中心海洋調查人員林怡君家中慰問家屬。
不過，「海研5號」沉船肇因外界直指為船長和船員都是勞務外包，如同派遣工，流動率高有安全隱憂，王作臺說，將來新船船員大部分會由國研院自行聘雇，但因船員法有其特殊性，因此下半年的重點就是要修訂辦法大綱，明年5、6月完成細節後，就會招考約20多人，並預定民國106年3月去國外接船。
「海研五號」在102年1月18日首次出航，至去年10月10日出事，共出航49次，航行383天，最大任務為觀測台灣周邊海底地震狀況，在核電廠附近深海區域透過聲納監測海底斷層，並身負探尋新能源的重責。
另外，「海研五號」曾在102年8月接手「媽祖計畫」，肩負護衛台灣第一條海纜式地震監測系統，化身媽祖守護台灣沿海安全， 103年2月在東沙南方海域震測出其蘊藏天然氣水合物，若能成功開發，將提供台灣50年到100年的能源供應。
「海研五號」103年是在執行環保署委託台灣海洋大學進行「海域大氣粒狀污染物監測及傳輸模擬先導計畫」時，10月9日從台南安平出發，原定航向馬祖附近海域，至16日進行8天探測作業，因海況不佳，10日到澎湖附近海域原打算返航，但不幸發生觸礁沉船意外。