九合一選舉後，新任行政院院長毛治國強力慰留管中閔，希望主委管中閔能留任，協助國發會預算在立法院通過，且為改善國內創新創業環境，管中閔也期望能夠繼續推動「創業拔萃」專案，因此當時答應再留下一段時間。
管中閔在內閣改組後勉為留下，為的是念茲在茲的創業拔萃方案，日前與台北市政府協商國際創新創業園區選址有果，新任市長柯文哲也正面同意，創新創業園區將落腳台北花博，意味階段性任務已完成，請辭的決心不變。
外界認為是在目前政府團隊內有志難伸，管中閔也不諱言，立法院的震撼教育及媒體，都讓他備受挫折和煎熬。
管中閔表示，如今行政院施政已上軌道，國發會今年預算也順利通過，階段性任務既然已經結束，在日前向毛治國正式提出辭呈，行政院晚間確定允准請辭。
對於自己兢兢業業推動的政務，管中閔提到，國發會積極面對民眾、社團與網路社群，現在許多人都認為國發會是內閣中最貼近民意脈動的一個部會，這些都是國發會同仁共同努力的成果。
管中閔強調，國發計畫未來發揮上位的政策指導與資源分配功能，有些政策已成為行政院核定方案，期望其他政策也逐漸上路。
管中閔提到，他的公職生涯雖然結束，但對台灣的心願未了，可能下學期就會回台大教書，只要台大方面同意，未來也將在學校及其他層面上，繼續為台灣盡一份心力。