邱義仁的律師高涌誠聆判後表示，依照「刑事妥速審判法」規定，一、二審都判決無罪的案件，想要再上訴三審很困難，本案幾乎可說已無罪確定。未來無罪定讞後，將為邱義仁偵查中被羈押五十一天，聲請冤獄刑事補償金。
特偵組表示，收到判決書看到理由後，會本於專業審慎判斷，再依法妥適處理。據了解，邱義仁昨日雖獲判無罪，但另涉及「醫和」、「拉美」等六、七件外交機密專案，仍在特偵組調查中。
特偵組九十四年起訴邱義仁，指控他在擔任國安會祕書長期間，明知「安亞專案」只有三期，卻捏造有第四期，並發函給時任外交部長的陳唐山，指示外交部匯五十萬美元到國安會指定帳戶。
特偵組認為，國安會及外交部均無安亞專案的詳細檔案資料，外交部憑邱義仁一紙公文就撥付款項，由時任外交部政次的高英茂在國外打越洋電話，指示辦公室祕書及亞太司承辦人，以每張面額一千美元的美金旅行支票，取代現鈔的模式付款。但五百張美金旅行支票最後有一百六十張流向不明，檢方認為邱沒有將這些錢拿去從事機密外交，涉嫌利用職務詐取外交機密經費；高則涉嫌幫助詐領，同涉貪汙罪嫌。
一審認為安亞專案的進行，不是邱義仁一人能夠專擅，是九十四年一月有緊急事態，邱才會應要求發文請求外交部撥付第四期款，且依對方當事人和我方中間聯繫人的陳述，五十萬美金應確已交付，判兩人無罪；檢察官不服提出上訴，高院昨日審結，認為沒有證據證明邱義仁捏造安亞第四期款項，再把錢放到自己口袋，駁回上訴仍判二人無罪。