各國新冠肺炎的疫情依舊嚴峻，國內因應入境者仍有入住防疫旅宿需求，觀光局宣布將延長防疫旅館補貼至今(2020)年底，但因預算有限，從10月起補貼費用從每房每日1,200元縮減為800元，但即使如此，經費恐仍有缺口。
為鼓勵合法旅宿加入防疫行列，觀光局4月公布實施「獎助直轄市及縣市政府推動溫韾防疫旅宿實施要點」，獎助提供居家檢疫者或居家隔離者入住的防疫旅宿業者願。原本要點實施至8月31日止，但因國際武漢肺炎疫情未見緩和，配合中央防疫政策，觀光局延長獎助期間至12月31日止。
不過，觀光局表示，防疫旅館補助9月30日前維持每房每日補助1,200元，自10月1日起至12月31日止，每房每日變為補助800元，並僅補助提供本國籍或持永久居留證居家檢疫者、居家隔離者入住防疫旅宿。
根據統計，目前防疫旅宿的房間數超過1.2萬間房，入住率約7成，而9月1日至13日，全國各機場、港口的入境人次總數為22,258人次，等於平均1天1,712人次，各縣市仍在持續輔導建置上線房間數，足以提供給未來有入住需求居家檢疫者及居家隔離者。
為便利業者及民眾洽詢各地方政府防疫旅館，觀光局在台灣旅宿網已建置「防疫旅宿」專區，旅宿業者若自願公布其為防疫旅宿，民眾可直接訂房外，其餘未公開者可透過各縣市防疫旅宿連絡窗口進行訂房。
觀光局也坦言，既有預算都已經籌措用上，到8月底就要6.4億元，而防疫旅館補助延到12月底，即便每日補助從1,200元降到800元，總預算還要高達12.8億元，經費還是有缺口，預算負擔沉重。