遠東航空公司17日無預警公告取消31航班，直指是配合民航局飛行時數控管，而民航局則兩度要求遠航妥善處理旅客權益問題，否則將依民航法重罰300萬。事發3日後遠航終於釋出誠意，滯留海外旅客部分，願負擔衍生食宿與交通費用，報名7月底前峴港旅行團出發的旅客，每人減收團費1,000元。
根據遠航提報資料，目前受影響旅客中，峴港回程483位旅客，均已透過轉乘高雄航班或他航航班處理；長灘島、巴拉望回程也已安排虎航及他航班機；至於零星散客，遠航將委由當地地勤代理協助簽轉。
交通部民航局表示，基於飛安考量，自前(2017)年3月起已針對遠航採取飛時管制措施，絕非遠航取消航班原因。在每月管制範圍內的機隊調度由遠航自行調整，並定期根據遠航飛機狀況與維修能量滾動檢討管制上限，遠航已不只一次突然取消航班。為維護旅客權益，未來將更嚴格審核遠航班表。
遠航無預警取消航班造成消費者損失，在團體旅遊部分，據瞭解旅行社對於因航班停飛未能成行者，除安排旅客轉搭其他航班或轉團外，多採全額退還團費處理。
行政院消保處指出，尚未出發者由旅行社扣除已支付的行政規費或必要費用，將於獲遠航賠償後，返還旅客；至出發後無法依原定行程返台者，旅行社依國外旅遊定型化契約範本第26條規定，須安排旅客轉搭其他航班返台，所生滯留費用由旅行社負擔。
至於個人自行出國部分，遠航應依旅客意願，協助簽轉其他航班，或提供退改票免收手續費；若旅客因行程延誤或無法成行，造成國外食宿及交通費用等損失，遠航應依民航局指示提供適當賠償措施。行政院消保提醒，有關本次因遠航取消航班所支出的相關費用均應保留單據，以利後續求償之用。
遠航今(20)日終於公布消費者補償措施，為紓解部分航線回程無法簽轉或取消出發的團體旅客，將恢復福島3班、天津1班、太原1班共5航班，並且承諾國際航線除長灘島、巴拉望航線，6月份多數航線正常運作。而報名7月底前峴港旅行團出發的旅客，每人減收團費1,000元；滯留在外旅客，遠航已主動與新悅、品冠旅行社聯繫返台作業，並承諾負擔衍生食宿與交通費用。