2018縣市長選戰即將開打，民進黨立委陳亭妃也正式宣布投入台南市長選舉黨內初選，她常參與台南市多項活動，也常為台南市多項議題發聲。陳亭妃表示，她已經準備好了，絕對不會讓台南的各位鄉親失望，希望改變從產生台南第一位女市長開始。
蕃薯藤yamVote針對台南市長選舉，進行一系列「2018台南市長可能人選」的網路投票活動，從11月17日上午10點起至11月29日上午10點，以民進黨立委陳亭妃，分別對上國民黨、無黨籍可能參選台南市長之人選，讓網友選擇誰是心目中適合的下一屆台南市長。
根據投票結果顯示，陳亭妃對上台南前市警局長陳子敬，共1526人投票，以1049票（69%）勝過陳子敬的477票（31%）；若對上前衛生署署長詹啟賢，總共1674票，陳亭妃就以1123票（67%）贏過詹的551票（33%）；而陳亭妃對上高思博，總投票數有1905票，陳則以1275票（67%）超越高的630（33%）；最後，對上國民黨中常委謝龍介，陳亭妃也以1142票（64%）打敗謝的634票（36%）。
整體看來，陳亭妃有可能會是下一屆的台南市長，更是台南首位女市長。曾表態支持她的人認為，以陳亭妃的智慧、看事情角度、施政目標、關心地方、對國家預算編列等等都很有特色、很有見解，是難得的首長人才。而陳亭妃自己也強調，未來絕不打高空、不說空話，市政必須用力向前衝刺，沒有家庭負擔，她將全心全力顧台南這個「家」。
投票網友在下方留言，表示支持「選年輕有活力對台南了解的陳亭妃」，但有網友認為，其實在台南，只要是民進黨的人選應該都篤定會當選，期待「藍營一定要翻盤」；還有人表示「選誰不是重點，重點是要選會做事的。」只要誰做事，就會投給誰。從網友的留言看來，會投給陳亭妃，似乎有一大部分理由，是因為她的政黨關係，才會支持她。
投票結果連結：