「芬普尼」毒蛋事件逐漸平息後，又傳在台北市現蹤。台北市衛生局12日抽驗永吉蛋行的雞蛋，14日檢出芬普尼殘留10ppb(超越極限值5ppb)。而農委會竟到今(18)早看到北市衛生局新聞稿才知道消息。
據《聯合》報導，芬普尼蛋事件發生後，台北市衛生局在8月底率先全國成立專案小組，抽驗45件來自全國41個牧場雞蛋，在本月驗出台南永吉蛋行雞蛋芬普尼殘留超標，已要求批發商永吉蛋行全面下架，並通知台南市政府做蛋品管制移動。
然而據農委會畜牧處家禽生產科科長李宜謙表示，北市衛生局什麼時候檢出、什麼時候對牧場的蛋雞進行移動管制，農委會完全沒有被知會，直到今天上午看到台北市政府的新聞稿才知道。他指出，不知道衛生單位的問題出在哪裡，若第一時間通知，就能進行蛋雞的移動管制，到底有確切有多少雞、多少蛋，「現在要怎麼追？」
農委會畜牧處副處長王忠恕表示，農委會上回在1400多處蛋雞場抽驗芬普尼，8月23日有抽驗台南市振崑畜牧場雞蛋，當時並沒有驗出芬普尼殘留；而台北市衛生局9月中竟在同一個畜牧場竟然又驗出芬普尼，僅透過衛福部食藥署告知「有一場驗出芬普尼」，但並沒有提供詳細資料。他認為是農民仍心存僥倖、不自愛。雞蛋要下架、銷毀、回收、或開罰，這些早有標準作業程序，「該怎麼辦就怎麼辦」。
李宜謙表示，台北市衛生局是針對永吉蛋行的上游的6家畜牧場進行追蹤，但僅通知台南市衛生局，並沒有知會農委會。