聯合報獨家報導指出，陸委會在去年11月間邀集相關單位討論，規定一定職等公務員除入境中國大陸須申請許可外，只要「過境、轉機」中國大陸，都需要事先申請許可，加強管制；陸委會並在今年初行文各單位，認定中國大陸機場屬於「大陸地區」及「中共控制之地區」的涵蓋範圍。
陸委會發言人邱垂正16日表示，此事源起於移民署在國境管制第一線執法時產生疑義，而函請陸委會解釋；陸委會在召開跨部會會議研商後，確定公務員經由中國大陸機場轉機，無論是「入境轉機」或「過境轉機」，都屬於兩岸條例第9條所稱的「進入大陸地區」的行為，必須事先申請許可或報准。
但邱垂正強調，此事純粹是針對現行兩岸條例第9條條文適用疑義所做的法規解釋，以利執法標準明確一致，並不是新訂的管理規範，邱垂正說：『(原音)相關人員經許可或報准，仍得赴大陸轉機，原本兩岸條例第9條所規範的主體並未擴大，也非管制禁止，或加強管制措施，所以請外界不要過度解讀。』
邱垂正進一步解釋，去年520之前，就有類似個案出現，但案件不多，移民署都是透過聯審會議來確認處理；520之後，移民署正式發函陸委會要求給予清楚函釋，所以陸委會才邀集相關部門，根據法規精神確認函釋，以利明確執法標準。